排水処理の中で硝化が悪化する場合があります。硝化細菌はもともと環境の変化に弱く、バイオマスが出来上がるのに時間がかかりますが、壊れる際にはきわめて短時間で壊れます。一度立ち上げてからバイオマスが安定するまでに硝化細菌の場合は２か月程度要する場合もあります。
悪くなった際にまず改善すべき点をいくつか挙げます。
（１）ＤＯ（溶存酸素）
溶存酸素は２．０ｍｇ以上になるようにお願いします。ＤＯが低いと硝化は停してしまいますので。
（２）ｐＨ
ｐＨは７．２から９．０の範囲内に調整してください。酸性のｐＨですと硝化が阻害される傾向に向かいます。
（３）水温
ベストの水温が３０℃くらいです。調整が可能であれば、この近くの温度になるようにしてください。低すぎても高すぎても硝化は阻害されます。
（４）有機物の分解の促進
硝化の抑制物質としてアミン類、窒素を含む有機化合物があります。こうした抑制物質が十分に分解できていないと硝化は阻害されます。ですから、これらの要素を分解する微生物のために、栄養のバランス（窒素、リン）を良くすること、ｐＨを調整するなどしてください。
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