地下水をタンクに貯蔵しておいても、pHが上がることがあるようです。これは地下水の中の微生物というよりも、水の中にある窒素分が原因ではないかと思われます。肥料で散布される肥料成分の流失によるものが地下水に入ると、窒素分はそのまま水の中に残ります。様々な形で残ります。聞くところによると最近は井戸を掘っても人間が飲むのに適していない窒素レベルのものもあるようです。
真水に近いような地下水にはほとんど緩衝作用がない場合があります。緩衝作用がないとアンモニア態窒素が少しでも入ると急激に上がる場合があります。高いpHが不適切である場合は希硫酸などで調整をしなければなりません。さらに、その後も窒素分が入ってくることが予想される場合は重炭酸塩を投与できる環境にあれば、投与して緩衝作用の改善を同時にしてはどうでしょうか？
pHの変動に微生物が関与するかどうかというお問い合わせですが、ほとんど関与することはないと私は考えております。