農薬と肥料の投与で土壌微生物の相当数が死に至りダメージを受けることがあります。栄養分というのはあり過ぎても、逆に生存を阻害します。そのような場合には今まで使用している微生物剤を追加投与する必要があります。
一般的に土壌微生物は以下のような状態にあります。ゴルフ場の芝のケースを想定しながら書いています。
（１）土壌微生物は土１ｇあたり１億から３０億くらいの数がいます。
（２）細胞分裂による急速な増殖があります。一つの微生物が２４時間で１６００万以上になることもあります。
（３）微生物は土の水分の中にいます。多くの微生物の活動に酸素が必要です。水のある中を微生物は移動ができます。
（４）土はずぶぬれでなく、程よく湿った状態が微生物にはいいです。さらに中性に近いｐＨ，十分な栄養分も必要です。
（５）好ましくない環境下では微生物の活動は止まります。グラム陽性菌（例えばバチルスはグラム陽性菌）の場合は芽胞を形成して休眠状態に入りますし、グラム陰性菌の場合は増殖しない状態になります。