アンモニアは極めて魚類に対して毒性の強いものです。アンモニアの発生は水槽の中での魚類の呼吸、魚の糞、腐った魚の餌、腐った水草類、死んだ魚などにより起きます。魚類の生息する環境でのアンモニアの濃度は独立栄養微生物（ニトロソモナスやニトロバクター）が硝化活動を新たに立ち上げるには低すぎるケースがあります。立ち上げに際して独立栄養微生物はエネルギー源として高いアンモニア窒素を必要としています。しかし,低いレベルのアンモニア濃度は従属栄養微生物には適しています。
微生物剤ＢＦＬアクアクリーンL（以下アクアクリーンＬ）は従属栄養微生物の活動を通じて効率的にアンモニアを除去していきます。これは従属栄養的硝化と呼ばれるものです。
アクアクリーンLの従属栄養微生物はアンモニア、亜硝酸、硝酸を除去するだけでなく、その他の有機物である餌の残さ、水草のかけら、魚の糞、死んだ魚も分解することができます。これに対して独立栄養微生物は水中に溶けているアンモニアを分解する活動しか出来ず，他の分解の活動はできません。アクアクリーンLの分解のプロセスを通じて従属栄養微生物は魚の呼吸などを通じて出てくるどのようなタイプの可溶性のアンモニアも除去が可能です。結果として水はより澄み、水質そのものも改善され、毒性も低下して魚類にとり非常に良好な環境になります。
アクアクリーンLの含む微生物は幅広い範囲の酵素、例えばリパーゼ、アミラーゼ、セルラーゼ、プロテアーゼを生産します。こうした酵素は水槽内にある典型的な有機物の分解を促進します。分解の過程を通じて、アンモニア、亜硝酸、硝酸が出てきます。アクアクリーンLの微生物はアンモニア、亜硝酸、硝酸を自らの細胞の構成要素のアミノ酸、核酸、タンパク質を合成する際の窒素源として使用するために分解して量を減らすことができます。微生物の代謝活動はエネルギーを要します。エネルギーは水中の有機物に含まれる炭素分から得ることができます。このエネルギーは細胞内で化学物質に変換されて、様々な化学変化を経てタンパク質合成などに使われます。
このようにBFLアクアクリーンLには２つの大事な役目があります。一つはアンモニアを水中から除去すること、もう一つは水中の余剰の有機物を分解することです。上記の活動に必要な全ての微生物が含まれているのがBFLアクアクリーンLです。